Reglamentai numato, kad kiekvienas struktūrinis fondas gali finansuoti tam tikrus tikslus įgyvendinančias priemones. 2007-2013 m. finansiniu laikotarpiu ES struktūrinė parama skiriama šiems prioritetams:
1. Konvergencijos prioritetas skirtas silpniau išsivysčiusioms šalims narėms ir regionams. Šiam prioritetui skiriama apie 82 % visų ES sanglaudos politikai numatytų lėšų.
2. Regioninio konkurencingumo ir užimtumo prioritetas skirtas labiau išsivysčiusiems regionams, kurie negali gauti paramos pagal Konvergencijos prioritetą. Šiam prioritetui siūloma skirti apie 16 % visų ES sanglaudos politikai numatytų lėšų.
3. Europos teritorinio bendradarbiavimo prioritetas skirtas bendradarbiavimui abipus ES vidaus sienų ir tarp šalių narių tam tikrose teritorinėse zonose. Šiam prioritetui siūloma skirti apie 2,5 % visų ES sanglaudos politikai numatytų lėšų. Jis pakeistų INTERREG iniciatyvą.
2007–2013 m. ES struktūrinė parama Lietuvai skiriama parama pagal Konvergencijos ir Europos teritorinio bendradarbiavimo prioritetus.